Genzel nació en Bad Homburg vor der Höhe, Alemania. Hijo del profesor de física del estado sólido Ludwig Genzel (1922-2003) estudió física en la Universidad de Friburgo y en la Universidad de Bonn, donde hizo su doctorado en 1978 y, en el mismo año, su tesis doctoral sobre radioastronomía en el Instituto Max Planck de Radioastronomía. Trabajó en el Centro de Astrofísica Harvard-Smithsonian en Cambridge, Massachusetts. Fue un Becario de Investigación Miller (Miller Fellow) desde 1980 hasta 1982, y también profesor titular y catedrático en el Departamento de Física de la Universidad de California, Berkeley desde 1981. Se convirtió en miembro científico de la Sociedad Max Planck en 1986, y director de la Instituto Max Planck de Física Extraterrestre en Garching y fue profesor en la Universidad de Múnich, donde ha sido profesor honorario desde 1988. Desde 1999 también tiene un nombramiento conjunto como profesor titular en la Universidad de California, Berkeley. También forma parte del comité de selección del premio Shaw de astronomía.
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